Sus primeras lecciones de pintura las recibe en el hogar. En 1932 da inicio a una importante colección de arte prehispánico y amerindio, que pronto se convertirá en uno de sus principales temas de estudio. A mediados de los años treinta se interesa en el surrealismo y escribe poemas y pinta murales influenciados por esta tendencia. En 1939 conoce a JoaquÃn Torres-GarcÃa y comienza a asistir a sus conferencias, hasta que, en 1943, se convierte en uno de los miembros fundadores del Taller Torres-GarcÃa. Por entonces participa en numerosas exposiciones colectivas y escribe textos teóricos, tanto sobre arte moderno como prehispánico. Hacia mediados de la década de los cuarenta pinta naturalezas muertas de figuras planas y campos de colores primarios. También realiza escenas portuarias, por una de las cuales recibe un premio en el VII Salón Nacional (Montevideo, 1946). En 1948 realiza sus primeros relieves en madera, en los cuales comienza a forjar la integración de la estética del universalismo constructivo con la del arte precolombino.
Tras la muerte de Torres-GarcÃa en 1949, Matto continúa asistiendo y enseñando en el Taller, actividad que sólo interrumpe durante sus viajes, los primeros de los cuales tienen como destino Europa y Egipto (1950, 1954 y 1958). La estructura ortogonal y las formas frontales y sintéticas, herencia de las enseñanzas de Torres-GarcÃa y del estudio del arte amerindio, serán constantes a lo largo de toda la trayectoria de Matto, si bien en los años cincuenta es cuando su pintura se mantiene más apegada a estas fuentes.
En 1962 cierra el Taller Torres-GarcÃa y Matto funda el Museo de Arte Precolombino con el objetivo de mostrar al público su colección privada; esta institución tendrá una intensa actividad hasta su cierre en 1978, al serle suspendido el apoyo económico municipal. Durante la década de los sesenta, Matto da inicio a la serie de los Tótems y recibe encargos de murales para instituciones públicas y residencias privadas, asà como del diseño de una moneda por parte del Banco Central del Uruguay (1969). Asimismo, continúa realizando relieves en madera y construye algunos con mármol y cemento. En sus pinturas constructivistas, luego de haberse recargado profusamente de sÃmbolos, las cuadrÃculas tienden a simplificarse e incluso a vaciarse. Esta sÃntesis, que es tanto de forma como de color, también caracteriza los relieves en madera.
En los años setenta cobra importancia la serie de los Tótems, esculturas casi planas de orientación vertical construidas en madera (acaso inspiradas en los postes funerarios mapuches que conoció en los años treinta), en las que la composición constructivista se une, quizás de manera más determinante que en el resto de su obra, a la simbologÃa cósmica y ancestral.
En las creaciones escultóricas de Matto se encuentran ejemplos de grandes formatos entre finales de la década de los setenta e inicios de los ochenta. Destaca dentro de este grupo el Monumento de 1979. En 1982 diseña una gigantesca U en cemento para el Paseo de las Américas (Punta del Este, Uruguay) como parte del Primer Encuentro Internacional de Escultura Moderna, en el cual participaron varios escultores suramericanos.
Entre la última producción de Matto destacan las Caritas, una serie de pequeños retratos femeninos que representan una vuelta a la figuración más de dos décadas después de sus últimas escenas portuarias.